Un tempo il Lago di Mergozzo faceva parte del Golfo Borromeo e del Lago Maggiore. Tra il XIII-XIV secolo i materiali alluvionali trasportati dal fiume Toce colmarono un tratto di lago separando i due bacini. Oggi i due laghi, divisi da una fertile piana, sono collegati da un sottile canale, il canale di Mergozzo, o canale di Fondotoce. Il borgo principale è, appunto, Mergozzo, caratterizzato da stretti viottoli formati da case in pietra addossate le une alle altre. La sua piazza centrale è dominata da un antico olmo secolare: secondo documenti storici, la pianta si trovava nella piazza già 400 anni fa; ora, completamente cava, è stata insignita del titolo di albero monumentale del Piemonte. Mergozzo è terra di antichi insediamenti, come dimostra la ricca raccolta del museo Antiquarium, dove sono esposti materiali risalenti alla preistoria e all’età del Bronzo, ma anche gli antichi strumenti utilizzati per l’escavazione e la lavorazione del granito del Montorfano e del marmo di Candoglia, materiale con cui venne costruito il Duomo di Milano. Con una profondità media di 45 metri, e una profondità massima di 73 metri, contiene un volume d’acqua pari a 82 milioni di metri cubi. Il tempo teorico di ricambio delle acque è di sei anni. Le caratteristiche qualitative delle acque sono da anni molto buone grazie al divieto di utilizzo di barche a motore e alla raccolta degli scarichi fognari del comune di Mergozzo e conseguente scarico delle acque depurate nel fiume Toce. A causa della particolare situazione morfologica, che determina condizioni di bassa azione dei venti, le acque risultano sempre calme e particolarmente idonee per la pratica della canoa e altri sport acquatici.